TESTING COVID 19

 PENDAHULUAN

Testing/Pengujian COVID-19 melibatkan analisis sampel untuk menilai keberadaan covid 19 virus saat ini atau sebelumnya. 

Dua tujuan  utama testing :

- mendeteksi keberadaan virus 

-mendeteksi antibodi yang diproduksi sebagai respons terhadap infeksi. 

Tes keberadaan virus digunakan untuk mendiagnosis kasus individu dan untuk memungkinkan otoritas kesehatan masyarakat melacak dan menahan wabah. 

Tes antibodi untuk menunjukkan apakah seseorang pernah menderita penyakit tersebut. 

Mereka kurang berguna untuk mendiagnosis infeksi saat ini karena antibodi mungkin tidak berkembang selama berminggu-minggu setelah infeksi. 

Ini digunakan untuk:

- menilai prevalensi penyakit, 

-membantu perkiraan tingkat kematian akibat infeksi. 

Tes virus positif menunjukkan infeksi saat ini, sedangkan tes antibodi positif menunjukkan infeksi sebelumnya. 

MASA  INFEKSIUS

Infeksius ditunjukkan oleh nomor reproduksi dasar (R0, dilafalkan "R n nothing") dari penyakit.

Covid 19 diperkirakan memiliki R0 2,2 hingga 2,5.  

Ini berarti bahwa dalam populasi di mana semua individu rentan terhadap infeksi, setiap orang yang terinfeksi diharapkan dapat menginfeksi 2,2 hingga 2,5 orang lain tanpa adanya intervensi. 

R0 dapat bervariasi menurut faktor-faktor seperti geografi, demografi populasi, dan kepadatan. 

Di negara bagian New York R0 diperkirakan 3,4 hingga 3,8. 

Rata-rata, orang yang terinfeksi mulai menunjukkan gejala lima hari setelah infeksi ("masa inkubasi") dan dapat menginfeksi orang lain mulai dua hingga tiga hari sebelumnya. 

Satu penelitian melaporkan bahwa 44% penularan virus terjadi dalam periode ini. 

TEST  UNTUK  DETEKSI  VIRUS

1. PCR

Polymerase chain reaction (PCR) adalah proses yang memperkuat (mereplikasi) segmen DNA kecil yang terdefinisi dengan baik ratusan ribu kali, membuatnya cukup untuk dianalisis. 

Sampel uji diperlakukan dengan bahan kimia tertentu yang memungkinkan DNA diekstraksi. Transkripsi terbalik mengubah RNA menjadi DNA.

Reverse transcription  polimerase  (RT-PCR) pertama-tama menggunakan transkripsi terbalik untuk mendapatkan DNA, diikuti oleh PCR untuk memperkuat DNA tersebut, sehingga menghasilkan cukup banyak untuk dianalisis. 

RT-PCR dengan demikian dapat mendeteksi covid 19, yang hanya berisi RNA. 

Proses RT-PCR biasanya membutuhkan beberapa jam. 

Real-time PCR (qPCR)  memberikan keuntungan termasuk otomatisasi, throughput yang lebih tinggi dan instrumentasi yang lebih andal. 

Ini telah menjadi metode yang disukai. 

Sensitivitas rata-rata untuk uji molekuler cepat adalah 95,2% (mulai dari 68% hingga 100%) dan spesifisitas rata-rata adalah 98,9% (mulai dari 92% hingga 100%) antara hasil uji dari berbagai merek perusahaan dan metode pengambilan sampel. 

Sampel dapat diperoleh dengan berbagai metode, termasuk:

- usap nasofaring, 

-dahak (bahan batuk), 

-usap tenggorokan, 

-bahan saluran napas dalam yang dikumpulkan melalui kateter hisap 

- air liur. 

Drosten dkk. mengatakan bahwa untuk SARS tahun 2003, "dari sudut pandang diagnostik, penting untuk dicatat bahwa usap hidung dan tenggorokan tampaknya kurang cocok untuk diagnosis, karena bahan ini mengandung RNA virus yang jauh lebih sedikit daripada dahak, dan virus dapat lolos dari deteksi jika hanya bahan ini bahan diuji. "

Sensitivitas sampel klinis dengan RT-PCR adalah 63% untuk usap hidung, 32% untuk usap faring, 48,1% untuk feses, 72-75% untuk sputum, dan 93-95% untuk lavage bronchoalveolar. 

Kemungkinan mendeteksi virus tergantung pada metode pengumpulan dan berapa lama waktu telah berlalu sejak infeksi. 

Menurut tes Drosten yang dilakukan dengan usap tenggorokan hanya dapat diandalkan pada minggu pertama. 

Setelah itu virus dapat meninggalkan tenggorokan dan berkembang biak di paru-paru. 

Pada minggu kedua, pengumpulan dahak atau saluran napas dalam lebih disukai. 

Mengumpulkan air liur/saliva,  mungkin sama efektifnya dengan swab nasal/throat/  hidung , meskipun hal ini belum pasti. 

Pengambilan sampel air liur dapat mengurangi risiko bagi para profesional perawatan kesehatan dengan menghilangkan interaksi fisik yang dekat. 

Ini juga lebih nyaman bagi pasien. 

Orang yang dikarantina dapat mengumpulkan sampel mereka sendiri. 

Nilai diagnostik tes saliva tergantung pada lokasi sampel (tenggorokan dalam, rongga mulut, atau kelenjar ludah). 

Beberapa penelitian telah menemukan bahwa air liur menghasilkan sensitivitas dan konsistensi yang lebih besar bila dibandingkan dengan sampel usap. 

Pada 15 Agustus 2020, FDA AS mengesahkan tes air liur yang dikembangkan di Universitas Yale, yang memberikan hasil dalam hitungan jam. 

Virus load yang diukur pada spesimen pernapasan bagian atas menurun setelah onset gejala.

2. ISOTHERMAL AMPLIFICATION  ASSAY

Tes amplifikasi asam nukleat isotermal juga memperkuat genom virus. 

Mereka lebih cepat daripada PCR karena tidak melibatkan siklus pemanasan dan pendinginan berulang.

 Tes ini biasanya mendeteksi DNA menggunakan tag fluoresen, yang dibacakan dengan mesin khusus. 

Teknologi penyuntingan gen CRISPR telah dimodifikasi untuk melakukan deteksi: jika enzim CRISPR menempel pada urutan, itu mewarnai strip kertas. 

Para peneliti mengharapkan tes yang dihasilkan menjadi murah dan mudah digunakan. 

Tes tersebut memperkuat RNA secara langsung, tanpa langkah konversi RNA-ke-DNA dari RT-PCR.

3. ANTIGEN

Antigen adalah bagian dari patogen yang menimbulkan respons imun. 

Tes antigen mencari protein antigen dari permukaan virus. 

Dalam kasus virus korona, ini biasanya protein dari spike permukaan. 

Antigen SARS-CoV-2 dapat dideteksi sebelum timbulnya gejala COVID-19 (segera setelah partikel virus SARS-CoV-2) dengan hasil tes yang lebih cepat, tetapi dengan sensitivitas yang lebih rendah daripada tes PCR untuk virus. 

Tes antigen mungkin merupakan salah satu cara untuk meningkatkan pengujian ke tingkat yang lebih tinggi. 

Uji amplifikasi asam nukleat isotermal hanya dapat memproses satu sampel pada satu waktu per mesin. 

Tes RT-PCR akurat tetapi membutuhkan terlalu banyak waktu, energi dan personel terlatih untuk menjalankan tes. 

Sampel dapat diambil melalui::

- swab nasofaring, 

-swab dari nares anterior, 

-air liur. 

Sampel tersebut kemudian dipaparkan pada potongan kertas yang berisi antibodi buatan yang dirancang untuk mengikat antigen virus corona. 

Antigen mengikat strip dan memberikan pembacaan visual. 

Prosesnya membutuhkan waktu kurang dari 30 menit,dan tidak memerlukan peralatan mahal atau pelatihan ekstensif. 

Swab virus pernapasan sering kekurangan bahan antigen yang cukup untuk dapat dideteksi. 

Hal ini terutama berlaku untuk pasien asimtomatik yang memiliki sedikit cairan hidung. 

Protein virus tidak diperkuat dalam tes antigen. 

Menurut WHO sensitivitas tes antigen serupa untuk penyakit pernapasan seperti flu berkisar antara 34% dan 80%. 

Berdasarkan informasi ini, setengah atau lebih dari pasien yang terinfeksi COVID-19 mungkin terlewat oleh tes semacam itu, tergantung pada kelompok pasien yang dites, kata WHO. 

Sementara beberapa ilmuwan meragukan apakah tes antigen dapat berguna melawan COVID-19, yang lain berpendapat bahwa tes antigen sangat sensitif ketika viral load tinggi dan orang-orang menular, sehingga cocok untuk pemeriksaan kesehatan masyarakat. 

Tes antigen rutin dapat dengan cepat mengidentifikasi kapan orang tanpa gejala dapat menular, sementara PCR tindak lanjut dapat digunakan jika diagnosis konfirmasi diperlukan.

TES  ANTIBODY

Tubuh merespons infeksi virus dengan memproduksi antibodi yang membantu menetralkan virus. 

Tes darah (tes serologi) dapat mendeteksi keberadaan antibodi tersebut. 

Tes antibodi dapat digunakan untuk:

- menilai bagian mana dari populasi yang pernah terinfeksi, 

-yang kemudian dapat digunakan untuk menghitung mortality rate. 

Potensi dan periode perlindungan antibodi SARS-CoV-2 belum diketahui.

Oleh karena itu, tes antibodi positif mungkin tidak menjamin kekebalan terhadap infeksi di masa depan. 

Lebih lanjut, apakah infeksi ringan atau asimtomatik menghasilkan antibodi yang cukup untuk dideteksi oleh tes belum diketahui juga. 

Antibodi untuk beberapa penyakit bertahan dalam aliran darah selama bertahun-tahun, sementara yang lain menghilang. 

Antibodi yang paling menonjol adalah IgM dan IgG. 

Antibodi IgM umumnya dapat dideteksi beberapa hari setelah infeksi awal, meskipun level selama infeksi dan seterusnya tidak diketahui dengan baik. 

Antibodi IgG umumnya dapat dideteksi 10-14 hari setelah infeksi dan biasanya memuncak sekitar 28 hari setelah infeksi. 

Pola perkembangan antibodi ini terlihat dengan infeksi lain, seringkali tidak berlaku untuk SARS-CoV-2, namun, dengan IgM kadang-kadang muncul setelah IgG, bersama dengan IgG atau tidak terjadi sama sekali. 

Umumnya, bagaimanapun, deteksi IgM median terjadi 5 hari setelah onset gejala, sedangkan IgG terdeteksi rata-rata 14 hari setelah onset gejala. 

Tingkat IgG menurun secara signifikan setelah dua atau tiga bulan. 

Spesifisitas rata-rata tes antigen adalah 99,5%, dan sensitivitas rata-rata adalah 56,8%.

Tes genetik memverifikasi infeksi lebih awal daripada tes antibodi. Hanya 30% dari mereka dengan tes genetik positif menghasilkan tes antibodi positif pada hari ke 7 infeksi mereka