RT - PCR

 RT - PCR

RT-PCR adalah variasi dari PCR, atau reaksi berantai polimerase

Ini berarti PCR digunakan untuk patogen, seperti virus dan bakteri, yang sudah mengandung DNA untuk amplifikasi, sedangkan RT-PCR digunakan untuk patogen yang mengandung RNA yang perlu ditranskripsikan menjadi DNA untuk amplifikasi.

Karena virus COVID-19 hanya mengandung RNA, maka digunakan RT-PCR real time atau konvensional untuk mendeteksinya.

Kedua teknik dapat dilakukan secara 'real time', yang berarti hasil terlihat hampir seketika, sedangkan bila digunakan secara 'konvensional', hasil hanya terlihat di akhir reaksi.

Virus adalah paket mikroskopis materi genetik yang dikelilingi oleh selubung molekul. 

Bahan genetik ini dapat berupa asam deoksiribonukleat (DNA) atau asam ribonukleat (RNA).

DNA adalah molekul dua untai yang ditemukan di semua organisme, seperti hewan, tumbuhan, dan virus, dan yang memegang kode genetik, atau cetak biru, untuk cara organisme ini dibuat dan berkembang.

RNA umumnya adalah molekul satu untai yang menyalin, mentranskripsikan, dan mentransmisikan bagian kode genetik ke protein sehingga mereka dapat mensintesis dan menjalankan fungsi yang menjaga organisme tetap hidup dan berkembang. 

Variasi RNA yang berbeda bertanggung jawab untuk menyalin, dan mentransmisikan.

Beberapa virus seperti Coronavirus (SARS-CoV-2) yang menyebabkan COVID-19 hanya mengandung RNA, yang berarti mereka mengandalkan infiltrasi sel sehat untuk berkembang biak dan bertahan hidup. 

Begitu berada di dalam sel, virus menggunakan kode genetiknya sendiri - RNA dalam kasus virus COVID-19 - untuk mengambil kendali dan 'memprogram ulang' sel, mengubahnya menjadi pabrik pembuat virus.

Para ilmuwan perlu mengubah RNA menjadi DNA. 

Ini adalah proses yang disebut reverse transcription / RT.

Mereka melakukan ini karena hanya DNA yang dapat disalin - atau diperkuat - yang merupakan bagian penting dari proses RT-PCR .

Ilmuwan mengamplifikasi bagian tertentu dari DNA virus yang ditranskripsi ratusan ribu kali. 

Amplifikasi penting agar, alih-alih mencoba menemukan jumlah yang sangat kecil dari virus di antara jutaan untaian informasi genetik, para ilmuwan memiliki jumlah yang cukup besar dari bagian target DNA virus untuk secara akurat memastikan keberadaan virus.

Sampel diambil dari bagian tubuh tempat virus COVID-19 berkumpul, seperti hidung atau tenggorokan seseorang. 

Sampel diperlakukan dengan beberapa larutan kimia yang menghilangkan zat seperti protein dan lemak dan yang mengekstrak hanya RNA yang ada dalam sampel. 

RNA yang diekstraksi ini adalah campuran dari materi genetik orang itu sendiri dan, jika ada, RNA virus.

RNA ditranskripsikan secara terbalik ke DNA menggunakan enzim tertentu. 

Para ilmuwan kemudian menambahkan fragmen pendek DNA tambahan yang melengkapi bagian tertentu dari DNA virus yang ditranskripsi. 

Jika virus ada dalam sampel, fragmen ini menempel pada bagian target DNA virus. 

Beberapa fragmen genetik tambahan digunakan untuk membangun untaian DNA selama amplifikasi, sementara yang lain digunakan untuk membangun DNA dan menambahkan label penanda ke untaian, yang kemudian digunakan untuk mendeteksi virus.

Campuran tersebut kemudian ditempatkan dalam mesin RT-PCR.

Mesin berputar melalui suhu yang memanaskan dan mendinginkan campuran untuk memicu reaksi kimia tertentu yang membuat salinan baru yang identik dari bagian target DNA virus. 

Siklus ini diulang terus menerus untuk terus menyalin bagian target DNA virus. 

Setiap siklus menggandakan angka sebelumnya: dua salinan menjadi empat, empat salinan menjadi delapan, dan seterusnya.

Namun, pengujian ini memiliki beberapa kekurangan, karena RT-PCR memerlukan:

- peralatan yang kompleks, 

-pelatihan ekstensif untuk calon pengguna, 

- beberapa jam untuk menyelesaikan prosedur.